近未来的东京。汽车排成长龙，火车穿梭往来，人流熙攘——一幅寻常的日常生活景象徐徐展开。突然，城市上空出现了一个黑点。黑点迅速扩张，吞噬了整座城市。汽车、火车、行人——东京被一个直径数十公里的黑色穹顶——“黑点”——所笼罩。就在黑点停止扩张之际，东京晴空塔巍然屹立，险些被吞噬。人们目瞪口呆地看着这诡异的景象。——就在这时，一个东西从黑点内部逼近。在绝望和看不到尽头的困境中，人们将这个从黑点而来的人称为“亿万敌人X”，简称Zex。
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